吴杨¹ , 周会² , 李杨瑞²

1福建农业职业技术学院生物技术系, 福州,350007;
2中国农业科学院甘蔗研究中心, 农业部广西甘蔗生物技术与遗传改良重点实验室, 广西农业科学院甘蔗研究所, 广西甘蔗遗传改良重点实验室, 南宁, 530007
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基因组学与应用生物学, 2012 年, 第 31卷, 第 87 篇   
收稿日期: 2012年08月07日    接受日期: 2012年10月18日

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为开发甘蔗属内及近缘属叶绿体微卫星，或称简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)分子标记，以甘蔗叶绿体SSRs (chloroplast simple sequence repeats, cpSSRs)及其侧翼序列为参照，应用BLAST程序对18种禾本科植物进行多序列比对，分析甘蔗cpSSR在禾本科中的进化。结果表明，cpSSRs及其两侧翼区域是进化过程中发生突变的热点区域，禾本科植物cpSSRs的数量在进化过程中处于动态变化的过程，但在亚科水平上保持动态平衡；在禾本科叶绿体基因组不同结构位置中反向重复序列(inverted repeat, IR)中的cpSSRs在进化过程中稳定程度最高，小单拷贝(small single copy, SSC)中的cpSSRs稳定程度次之，大单拷贝(large single copy, LSC)中的cpSSRs稳定程度最低；编码区中cpSSRs的稳定性远远高于非编码区，非编码区为cpSSRs突变发生的主要区域；应用编码区cpSSRs信息构建系统进化树结果最为精确，在涉及亚科以上水平的进化分析时使用非编码区的cpSSRs信息可能会造成结果有误。

甘蔗；禾本科；叶绿体；微卫星；进化