犬细小病毒VP2 基因的克隆与生物信息学分析 
叶新慧1 
,
申魁魁1 ,
符欣惠1 ,
王丽霞1 ,
李恭贺1 ,
张明1 ,
卢晟盛1,2 ,
卢克焕1,2 ,
郑喜邦1 
,
申魁魁1 ,
符欣惠1 ,
王丽霞1 ,
李恭贺1 ,
张明1 ,
卢晟盛1,2 ,
卢克焕1,2 ,
郑喜邦1
1广西大学动物科技学院, 南宁, 530004;
2亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室, 南宁, 530004
作者 通讯作者
基因组学与应用生物学, 2012 年, 第 31卷, 第 96 篇
收稿日期: 2012年10月17日 接受日期: 2012年11月22日
2亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室, 南宁, 530004
作者 通讯作者
基因组学与应用生物学, 2012 年, 第 31卷, 第 96 篇
收稿日期: 2012年10月17日 接受日期: 2012年11月22日
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摘 要
本研究旨在克隆犬细小病毒VP2 (Canine parvovirus VP2, CPV-VP2)基因，构建克隆载体pMD18-T-VP2，分析其生物信息学特征。以犬细小病毒(CPV)阳性病犬血液基因组病毒DNA 为模板，PCR扩增CPV-VP2基因，通过TA 克隆获得pMD18-T-VP2 重组质粒，测序后对其进行生物信息学分析。结果表明：(1)CPV-VP2完整的开放阅读框由1 755 个核苷酸组成，共编码585个氨基酸残基,其序列同源性与浣熊最高，达97.6%；(2)信号肽在线预测认为，CPV-VP2 基因无信号肽；(3) CPV-VP2大多数氨基酸偏好以T、A结尾的密码子；(4) CPV-VP2蛋白可能存在7个糖基化位点，其丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸分别存在8个、10个和7个磷酸化位点；(5) CPV-VP2可能存在76个B细胞抗原表位；(6) CPV-VP2蛋白为亲水性蛋白，无跨膜结构；(7) CPV-VP2蛋白二级结构的α- 螺旋区域占9.93%、β- 折叠区域占24.49%、无规则卷曲区域占65.58% ；(8) CPV-VP2蛋白三级结构存在多个螺旋和折叠区域，主要以无规则卷曲为主。本研究为制定CPV-VP2 基因原核或真核高效表达策略提供了参考资料，并为进一步制备CPV胶体金快速诊断试纸条和基因工程疫苗奠定了基础。
关键词
犬细小病毒；VP2基因；分子克隆；生物信息学分析
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