李斌^1,2 , 卢冰霞^1,2,3 , 秦毅斌^1,2 , 赵武^1,2 , 梁家幸^1,2 , 韦超文⁴ , 何颖^1,2 , 苏乾莲^1,2 , 陈忠伟^1,2 , 段群棚^1,2 , 李莹莹^1,2,3 , 姜佳佳^1,2 , 梁保忠^1,2 , 黄伟坚³

1 广西兽医研究所，南宁，530001
2 广西畜禽疫苗新技术重点实验室，南宁，530001
3 广西大学动物科学技术学院，南宁，530005
4 广西田林县动物疫病预防控制中心，田林，533300
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2013 年, 第 32卷, 第 73 篇   
收稿日期: 1970年01月01日    接受日期: 1970年01月01日

为了研究开发快速、敏感、特异的猪流行性乙型脑炎（Japanese encephalitis, JE）诊断试剂和免疫效果良好的猪JE基因工程疫苗，我们对2012年分离到的广西猪流行性乙型脑炎病毒（Japanese encephalitis virus, JEV）FC792株的E基因进行克隆、测序及生物信息学分析。结果测序获得1500bp的完整FC792株E基因序列，经同源性比对及遗传进化树分析表明，FC792株为基因Ⅲ型JEV毒株，且属于弱毒株。应用在线软件SignalP 4.1对FC792株E蛋白进行信号肽的预测，结果预测到FC792株E蛋白不存在信号肽。应用在线软件NetNGlyc 1.0预测到FC792株E蛋白存在1个N-糖基化位点：154-NYSA，线软件NetPhos 2.0预测到其存在如下磷酸化位点：丝氨酸（Ser）有10个位点；苏氨酸（Thr）有6个位点；酪氨酸（Tyr）有5个位点。应用在线免疫信息学软件预测到FC792株E蛋白有16个B细胞抗原优势表位（分值（score）≥0.85），5个CTL抗原表位，10个Th抗原表位。应用在线软件GOR4预测FC792株E蛋白的二级结构，发现α-螺旋区域占21.20%，延伸链区域占30.40%；无规则卷曲区域占48.40%。应用在线软件SWISS-MODEL对FC792株E蛋白进行三维结构预测的同源模建，结果可见FC792株E蛋白存在大量的无规则卷曲和延伸链区域，并有多个α-螺旋区域，它们螺旋扭转卷曲形成近似左右对称的2个亚基的二聚体空间立体结构。这些研究结果为今后研制猪JE诊断抗原和猪JE基因工程疫苗提供参考借鉴。

分子生物学；生物信息学；预防兽医学