李雪¹ , 胡秀彩^1,2 , 兰云¹ , 沈晓静¹ , 朱爱华¹ , 吕爱军¹

1 江苏师范大学生命科学学院生物技术系，徐州，221116
2 江苏省药用植物生物技术重点实验室，徐州，221116
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2014 年, 第 33卷, 第 11 篇   
收稿日期: 2013年08月21日    接受日期: 2013年09月26日

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采用PCR方法扩增嗜水气单胞菌粘附素（Aha）和外膜蛋白A（OmpA）基因序列，进行DNA测序及生物信息学分析。结果表明：Aha基因长1314bp，推导编码355aa，5-24aa区域为跨膜螺旋，26-355aa区域为革兰氏阴性菌孔蛋白结构域（PF00267），Aha蛋白三级结构与模板（PDB:1PHO_A）相似性达28.21%；OmpA基因长1102bp，推导编码338aa，含有OmpA跨膜结构域（PF01389）和OmpA结构域（PF00691），预测OmpA蛋白抗原表位位于64-69aa，160-171aa，244-249aa，259-274aa和295-301aa区域，OmpA蛋白三级结构OmpA跨膜结构域和OmpA结构域与模板（PDB:1BXW_A、PDB:4ERH_A）相似性分别为27.45%和57.58%；进一步采用拉马钱德兰图（Ramachandran plot）检测分析，与Aha、OmpA基因蛋白三级结构预测结果一致。本研究有助于理解嗜水气单胞菌致病的分子机制，为鱼类疾病防治及疫苗应用提供科学参考。

嗜水气单胞菌；粘附素；外膜蛋白；序列分析；三级结构