唐晓芬^1,2 , 陈莉¹ , 马玉韬³

1 西北大学信息科学与技术学院, 西安, 710127
2 宁夏大学数学计算机学院, 银川, 750021
3宁夏大学, 物理电气信息学院, 银川, 750021
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2013 年, 第 32卷, 第 105 篇   
收稿日期: 2013年07月02日    接受日期: 2013年08月08日

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在基因组学水平上研究密码子使用偏性模式、成因并分析进化过程中的选择压力在基因组学研究中有重要意义。文章概述了目前提出的密码子使用偏性的量化方法及实现原理。目前研究发现：有些量化密码子偏性的方法受高表达基因参考数据集未完全注释的限制，不同密码子位置对变异和选择的影响不同，以及不同密码子位置处GC含量和嘌呤含量的贡献不同。由此展望密码子偏性量化方法发展方向为：需要设计不需要相关参考基因集合先验知识的密码子使用偏性量化方法；考虑不同位置处背景核苷酸组成的密码子使用偏性的量化方法；同时考虑基因表达水平的密码子使用偏性量化方法。最后，归纳了目前可用的密码子使用偏性的量化工具和数据库。

同义密码子；密码子使用偏性； 背景核苷酸；GC3；高表达基因