宁应之¹ , 赵康平¹ , 熊杰² , 袁冬霞² , 缪炜²

1西北师范大学, 生命科学学院, 兰州, 730070; 2中国科学院水生生物研究所水生生物多样性与保护重点实验室, 武汉, 430072
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基因组学与应用生物学, 2015 年, 第 34卷, 第 3 篇   
收稿日期: 2014年12月03日    接受日期: 2015年01月01日

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可变剪接是产生蛋白质组多样性和调节基因表达的重要机制，相关研究在高等真核生物中开展较多，而在单细胞真核生物中则较少，尤其是单细胞原生动物纤毛虫中，仅有少量报道。本文基于单细胞模式原生动物嗜热四膜虫种大量转录组数据，对其可变剪接基因进行了鉴定及分析。在嗜热四膜虫中共鉴定到2 894个可变剪接位点，涉及到2 698个可变剪接基因，可分为四类。考虑到转录本拼接的准确性，选择了其中464个与基因组预测模型完全一致的可变剪接基因进行深入分析，其中生长(growth)时期、饥饿(starvation)时期、接合生殖(conjugation)时期特异性的可变剪接基因分别为49、79和135个。对可变剪接基因的功能进行分析表明其涉及的功能广泛且显著富集于蛋白激酶过程，提示可变剪接基因在嗜热四膜虫蛋白磷酸化和信号传导中具有重要作用。

嗜热四膜虫；转录组；可变剪接；鉴定；功能分析