竹黄菌Ku70基因全长克隆及序列分析  

黄青青1,2 , 任锡毅2,3 , 谭玉梅2,3 , 魏洪美1,2 , 乙引1 , 刘永翔2,3
1贵州师范大学, 贵阳, 550001; 2贵州省农业生物技术重点实验室, 贵阳, 550006; 3贵州省生物技术研究所, 贵阳, 550006
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2015 年, 第 34卷, 第 404 篇   
收稿日期: 1970年01月01日    接受日期: 1970年01月01日
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摘 要

为构建竹黄菌高效敲除载体,以利于竹黄菌基因功能及竹黄菌与寄主竹子之间的相互关系的研究,利用RT-PCR (reverse transcriptase-PCR)及RACE (rapid amplification of cDNA ends)技术克隆获得Ku70基因全长序列,命名为sKu70。序列分析显示:该序列基因全长为2 306 bp,开放阅读框长度为1 974 bp,编码657个氨基酸,分子质量为73.940 5 KD,理论等电点pI为5.58;序列同源性分析表明:该基因序列和预测的蛋白序列与小麦叶枯病菌SN15 (Phaeosphaeria nodorum SN15)的Ku70 mRNA序列(XM_001803174.1)及ATP依赖的DNA解旋酶亚基II ku70 (Q0U5F2.1)同源性最高,identity分别75%和78%。二级结构预测表明Ku70蛋白α-螺旋(alpha helix)占36.99%,延伸链(extended strand)占17.05%,无规卷曲(random coil)占36.23%;包含一个Ku-core domain、一个Von Willebrand factor type A (vWA) domain和一个SAP domain,为亲水蛋白;并利用同源模建的方法预测了其三级结构。

关键词
竹黄菌;Ku70基因;RACE
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基因组学与应用生物学
• 第 34 卷
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