叶丽丽¹ , 宋福海² , 彭星² , 韩光春² , 魏婷¹ , 纪丰民¹ , 雷红星²

1北京交通大学理学院生命科学与生物工程研究院, 北京, 100044; 2.中国科学院北京基因组研究所, 北京, 100101
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2016 年, 第 35卷, 第 348 篇   
收稿日期: 2016年04月12日    接受日期: 2016年05月16日

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本研究旨在从分子水平揭示小鼠成纤维细胞直接重编程为心肌细胞的机制，为诱导心肌细胞再生提供新思路。在公共基因芯片数据库(GEO)中下载小鼠(Mus musculus)心肌细胞直接重编程相关的基因芯片数据，其中成纤维细胞样本数24例，诱导性心肌细胞样本数43例。利用统计软件R3.1.1采用Rankprod算法(P＜0.05, |lgFC|＞1)获得心肌细胞直接重编程过程中的差异表达基因，利用DAVID、ToppGene、STRING等在线工具对差异表达基因进行生物信息学分析。最终分析筛选出210个心肌细胞直接重编程过程的差异表达基因，包括115个表达上调，95个表达下调。生物信息学分析发现Cybb，C1qa，Fabp4等基因以及横纹肌收缩等信号通路在心肌细胞直接重编程过程中起着重要作用。

心肌细胞；差异表达基因；生物信息学；直接重编程；基因芯片