刘红美 , 李玉权 , 陶小买 , 赵建丽 , 周静 , 张婷婷 , 叶远浓

贵州医科大学生物与工程学院, 贵阳, 550025
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2016 年, 第 35卷, 第 364 篇   
收稿日期: 2016年04月11日    接受日期: 2016年05月23日

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本研究目的是利用全基因组挖掘技术分析短短芽胞杆菌GZDF3菌株中的几丁质酶基因家族。首先利用BioEdit软件本地搜索短短芽孢杆菌GZDF3全基因组数据库中几丁质酶基因家族，然后采用在线分析及相应软件分析预测几丁质酶基因氨基酸组成、理化性质、信号肽、疏水性、二级结构等，并构建系统发育树。结果显示，短短芽孢杆菌GZDF3全基因组中预测共存在6个几丁质酶基因，编码6种不同结构类型的几丁质酶。6种几丁质酶均属于糖苷键水解酶第18家族。其中2种几丁质酶N端有信号肽序列和信号肽酶切位点；有2种几丁质酶为碱性蛋白，4种为酸性蛋白，6种均为亲水性蛋白。本研究揭示了短短芽孢杆菌菌株GZDF3基因组中有结构多样的几丁质酶，分析结果将为后续的基因克隆及功能研究提供参考。

几丁质酶；短短芽孢杆菌；生物信息学；系统发育树