Lv Jie¹ , Liu Hongbo¹ , Wu Qiong¹ , Zhang Yan²

1哈尔滨工业大学生命科学与技术学院, 城市水资源与水环境国家重点实验室, 哈尔滨, 150001, 中国;
2哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院, 哈尔滨, 150081, 中国
作者    通讯作者
计算分子生物学, 2012 年, 第 1卷, 第 9 篇   doi: 10.5376/cmb.cn.2012.01.0009
收稿日期: 2012年11月01日    接受日期: 2012年11月01日    发表日期: 2012年11月01日

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推荐引用：

Lv et al., 2012, High-Throughput Computational Approaches to Analyzing Histone Modification Next-Generation Sequencing Data, Computational Molecular Biology, Vol.2, No.2 1-13 (doi: 10.5376/cmb.2012.02.0002)

染色质免疫沉淀测序(ChIP–seq)促进染色体组蛋白尾的化学修饰的系统分析。随着下一代测序的成本的不断下降，全基因组的组蛋白修饰测序在各种表观遗传区研究中成为一种常见的测序方法。然而，现在高效的ChIP–seq数据分析方法面临的挑战正是解释组蛋白修饰ChIP-Seq数据的主要障碍，这也要求计算方法需要不断改进。我们提供了一个关于研究组蛋白修饰ChIP-seq数据可用的计算方法的实际概要。我们展现了关于系统地检测和功能化地定性不同类型的组蛋白修饰ChIP-Seq数据计算方法的最新进展，讨论了目前可用于执行短阅读定位，peak calling下游基因鉴定和基因组可视化任务的软件。我们还展现了可以通过开发具体的组蛋白修饰ChIP-Seq数据的算法和方法推断组蛋白修饰对基因表达的调控作用。这种方法将有利于表观遗传调控网络的建设，并提供明确的基于进一步实验测试的生物假说。我们还描述了一些挑战和未来的基于ChIP-seq数据对组蛋白修饰的分析的重要方向。我们设想，计算方法的进步将为大规模的组蛋白修饰研究的带来一个更光明的未来。

下一代测序；组蛋白修饰；计算方法；峰值识别；染色质免疫沉淀测序