Gengkon , John , Jessica , Stephanie , Xiang

1计算机科学与信息系, 扬斯敦州立大学, 扬斯敦, OH 44555, 美国
2生物科学系, 扬斯敦州立大学, 扬斯敦, OH 44555, 美国
3应用化学生物学中心, 扬斯敦州立大学, 扬斯敦, OH 44555, 美国
作者    通讯作者
计算分子生物学, 2014 年, 第 3卷, 第 8 篇   doi: 10.5376/cmb.cn.2014.03.0008
收稿日期: 2014年09月07日    接受日期: 2014年09月07日    发表日期: 2014年09月07日

本文首次以英文发表在 Computational Molecular Biology 2014, Vol.4, No.1, 1-17上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License 协议对其进行授权，用中文再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。如果读者对中文含义理解有歧义，请以英文原文为准。

推荐引用：

Min et al., 2014, PlantSecKB: the Plant Secretome and Subcellular Proteome KnowledgeBase, Computational Molecular Biology, Vol.4, No.1 1-17 (doi: 10.5376/cmb.2014.04.0001)

蛋白质亚细胞位置的预测和处理是蛋白质功能注释的必要条件。我们开发植物分泌蛋白质组和亚细胞蛋白质组知识库(PlantSecKB)方便植物研究界获取和处理植物蛋白，特别是分泌蛋白的亚细胞位置。从UniProtKB数据库检索植物蛋白序列所有可用的植物蛋白质数据构建数据库，由PlantGDB项目组装的EST数据库进行预测。数据库包含从三个来源收集的信息：(1)在UniProtKB中创建或计算预测的亚细胞位置；(2)亚细胞位置和特征由八个计算工具预测；(3)分泌蛋白从最近的文献获取。亚细胞位置的类别包括分泌蛋白，线粒体，叶绿体，细胞质，细胞骨架，内质网，高尔基体，溶酶体，过氧化物酶体，细胞核，液泡和质膜。数据可以通过使用UniProt登录号、ID、GenBank GI或RefSeq登录号、基因名称和关键词来搜索。可以搜索物种特异性分泌蛋白和亚细胞蛋白质组学，并将其以FASTA文件下载。BLAST允许用户基于蛋白质序列搜索数据库，也支持植物蛋白亚细胞位置的管理。一项主要的分析显示单子叶植物和双子叶植物具有相似比例，单子叶植物在线粒体和叶绿体膜(包括膜和非膜)中分布着显著的更高比例的蛋白质，而双子叶植物具有显著更多的蛋白质分布在胞质溶胶和细胞核中。该数据库旨在促进植物蛋白质研究，可在http://proteomics.ysu.edu/secretomes/plant.php获取信息。

计算预测；表达序列标签；植物；分泌蛋白；分泌蛋白组；信号肽；亚细胞定位；亚细胞蛋白质组