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《Nature》发布小鼠细胞的开源数据库Tabula Muris | BioPublisher 是一个致力于发表生命科学研究论文的出版平台
《Nature》发布小鼠细胞的开源数据库Tabula Muris
发布时间:2018-10-11    来源:生物通

近日,斯坦福大学、陈-扎克伯格生物中心以及加州大学旧金山分校的研究人员建立了一个名为Tabula Muris的开源数据库,收录了小鼠的多个细胞类型及其基因表达数据。这项成果发表在《Nature》杂志上。

 

研究团队利用荧光活化细胞分选(FACS)方法和微流体液滴捕获方法,从小鼠20个不同器官中分离出超过10万个细胞,并开展单细胞RNA测序。这些数据让人们能够比较各个细胞类型和组织间的基因表达,从而更深入地了解细胞多样性。

 

研究人员进一步发现,转录因子表达可以大致定义细胞类型。在用1,016个转录因子的平均表达来分类细胞时,他们发现此时产生的树状图与利用所有基因产生的树状图大体相似。当他们用细胞表面标志物或RNA剪接因子来重复此分析时,发现情况并非如此,表明转录因子能够更好地确定细胞类型。

 

研究人员认为,这种细胞图谱有助于细胞重编程。此外,小鼠的转录组图谱也有助于发现新的细胞类型,揭开不同细胞类型的基因表达,并比较各个器官的细胞。