研究报告/Research Report

基于羊草种子转录组中PGM及SUS基因家族鉴定与分析  

胡国富
作者    通讯作者
《分子植物育种》网络版, 2021 年, 第 19卷, 第 4 篇   
收稿日期: 2021年01月27日    接受日期: 2021年02月07日
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本文首次发表在 《分子植物育种》(ISSN1672-416X,CN46-1068/S)上。现依据版权所有人授权的许可协议,采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权,再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。
摘 要

羊草(Leymus chinensis (Trin.) Tzvel.)是多年生优质饲草,具有适口性好、产量高、饲用价值高等特点。此外,由于羊草具有较强的抗性,因而能够改善土地贫瘠等劣势环境,是保护中国草地生态的重要建群种。为促进羊草种子萌发,探究萌发机理,本研究以无菌水处理羊草种子为对照,外源添加GA3为处理条件,基于前期转录组数据分析,确定了蔗糖和淀粉代谢通路中的PGMSUS基因在种子萌发过程中有着显著作用。采用生物信息学的分析方法分别分析了两个基因家族的成员鉴定、保守结构域以及进化树,并结合FPKM值对PGMSUS基因进行表达模式分析。结果表明:基于羊草种子转录组数据筛选出PGMSUS基因家族的成员均为7个,PGM基因的分子量大小在15 471.3~67 912.9 Da之间,等电点数值大小在4.45~6.31之间,呈弱酸性。羊草种子中PGM家族均为亲水稳定蛋白。而SUS基因的分子量大小在30 421.5~110 262.9 Da之间,等电点除LcSUS157偏中性外,而其余的4个基因则偏弱酸性。LcSUS46为稳定亲水蛋白,其余的为不稳定亲水蛋白。羊草种子中PGMSUS基因家族在蔗糖和淀粉代谢通路中起到促进蔗糖和淀粉合成的基因酶作用。对羊草种子表达模式分析发现,GA3处理羊草种子PGMSUS基因家族的基因通过不同表达量的正负调控蔗糖和淀粉通路来共同作用促进羊草种子萌发

关键词
羊草;PGM和SUS基因家族;生信分析;表达分析
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《分子植物育种》网络版
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