技术主题/Technology Feature

SSR数据格式转换软件DataFormater  

樊文强1,2 , 盖红梅3 , 孙鑫1,2 , 杨爱国1 , 张忠锋1 , 任民1*
1中国农业科学院烟草研究所, 烟草遗传改良与生物技术重点开放实验室, 青岛, 266101;
2中国农业科学院研究生院, 北京, 100081;
3青岛市农业科学研究院, 青岛, 266100
作者    通讯作者
分子植物育种, 2016 年, 第 14卷, 第 5 篇   doi: 10.5376/mpb.cn.2016.14.0005
收稿日期: 2016年02月29日    接受日期: 2016年03月02日    发表日期: 2016年03月07日
© 2016 BioPublisher 生命科学中文期刊出版平台
本文首次发表在 《分子植物育种》印刷版上。现依据版权所有人授权的许可协议,采用 Creative Commons Attribution License,协议对其进行授权,再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。
推荐引用:
引用格式(中文):
樊文强等, 2016, SSR数据格式转换软件DataFormater, 分子植物育种(online), 14(5): 1029-1034 (doi: 10.5376/mpb.cn.2016.14.0005)
引用格式(英文):
Fan et al., 2016, DataFormater, A Software for SSR Data Formatting to Develop Population Genetics Analysis, Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular Plant Breeding), 14(5): 1029-1034 (doi: 10.5376/mpb.cn.2016.14.0005)
摘 要

随着分子群体遗传学的快速发展和SSR标记的广泛应用,一些分子群体遗传学分析软件相继问世。但是不同软件的SSR数据输入文件格式并不一致,人工转换费时费力,且易出错。因此,本研究利用Python高级计算机语言开发了SSR分子标记数据格式转换软件DataFormater。该软件具有友好的图形用户界面,能高效准确的把SSR原始数据快速转换为Popgene、Ntsys、PowerMarker、Structure、Tassel、SPAGeDi等常用分子群体遗传学分析软件的输入文件,同时还具过滤稀有等位、过滤无多态位点、用户数据校验等功能。与人工转换相比,DataFormater可大大提高转换的效率和准确性。因此,DataFormater将是分子群体遗传学研究中不可或缺的工具软件。现在用户可以通过DataFormater软件的主页进行下载,网址为:www.ycsjk.com.cn/dataformater/home/,或通过电子邮件renmin@caas.cn索取该软件。

关键词
分子群体遗传学;分子标记;SSR;数据格式;软件;Python计算机语言
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分子植物育种
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