毛如志¹ , 高东¹ , 魏富刚² , 杨香婷¹

1 云南农业大学农业生物多样性应用技术国家工程中心, 教育部农作物多样性与病害控制重点实验室, 植物病理重点实验室, 昆明, 650201
2 文山州植保站, 文山, 663000
作者    通讯作者
《分子植物育种》网络版, 2012 年, 第 10卷, 第 19 篇   doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0019
收稿日期: 2012年04月16日    接受日期: 2012年04月18日    发表日期: 2012年05月07日

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推荐引用：

毛如志等, 2012, 元阳传统水稻品种月亮谷抽穗期控制候选基因的SNP/InDel多态性分析, 分子植物育种(online) Vol.10 No.19 pp.1138-1144 (doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0019)
引用格式(英文)：
Mao et al., 2012, Analysis of SNP and InDel in Candidate Genes Controlling Heading Date in Yuelianggu from Yuanyang Terrace Wetland, Fenzi Zhiwu Yuzhong (online) (Molecular Plant Breeding) Vol.10 No.19 pp.1138-1144 (doi: 10.5376/mpb.cn.2012.10.0019)

抽穗期是水稻的一种重要农艺性状，但其遗传控制机理还不清楚。本文基于本课题组对元阳传统水稻品种月亮谷的全基因组重测序，利用数据库搜索的方法，搜索并分析了62个水稻中与拟南芥花期控制基因同源的基因。通过与典型的籼粳品种9311和日本晴的比对得到了发生在这些基因如Hd6、Ehd1和0sSOC1上的1 356个SNP及242个InDel位点，其中月亮谷特有的SNP为165个，占总SNP 12.66%；InDel为3个，占0.83%。结果显示，SNP/InDel位点不是平均分布到每个基因上，含量较高的基因存在SNP/InDel的热点片段。23.45%的SNP位点及9.92%的InDel位点分布在基因的编码区。其中月亮谷中特有的SNPs分布在CDS中的为50个，占月亮谷所有特异SNP位点总数的30.03%。本文同时分析了侯选基因侧翼2Kbp范围内的SNP/InDel多态性位点。按照侧翼多态性位点数目的分布可以将侯选基因分成2种类型，即保守型和热点型。

水稻；侯选基因；抽穗期；单核苷酸多态性；哈尼梯田