研究报告/Research Report

转录组学鉴定高粱营养器官间功能差异的决定基因  

郝近羽 , 罗峰 , 裴忠有 , 高建明 , 李明 , 丁博 , 谢晓东 , 孙守钧
天津农学院农学与资源环境学院, 天津, 300384
作者    通讯作者
《分子植物育种》官方网站, 2018 年, 第 16 卷, 第 7 篇   
收稿日期: 2017年05月11日    接受日期: 2017年06月15日    发表日期: 2018年02月28日
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摘要

  本研究采用Illumina HiSeq 4000高通量测序技术,对高粱根、茎和叶的转录组进行测序以及生物信息学分析,以期鉴定出决定营养器官功能异质性的核心基因。结果表明,转录组测序获得165 413 338条原始测序序列 (Raw reads),过滤后获得160 195 618条序列 (Clean reads);共鉴定出33 204个基因及230 685个可变剪接事件;三种营养器官基因表达模式的相似度较低,共筛选出10 083个差异表达基因,其中在不同营养器官均有表达差异的决定基因1 320个。对决定基因进行GO富集分析,得到2 946GO功能注释 (P<0.05),分布于光合作用、结构分子活性和细胞组成相关的GO 项中;KEGG富集分析表明差异基因在光合作用、黄酮和黄酮醇生物合成以及叶酸参与的“一碳单位”代谢途径富集程度显著。本研究为深入探讨高粱营养器官间功能差异性机制及器官特异性启动子克隆等工作奠定了数据基础。

关键词
粒用高粱;转录组分析;可变剪接;差异表达基因; 代谢途径

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《分子植物育种》官方网站
• 第 16 卷
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