研究报告

基于转录组的黑果枸杞 SSR 分布特征分析及引物设计  

郝广婧 , 祁银燕 , 张得芳 , 朱春云
1 青海大学农牧学院, 西宁, 810016; 2 青海大学农林科学院, 西宁, 810016; 3 青海省农林科学院, 西宁, 810016; 4 青海大学,三江源生态与高原农牧业国家重点实验室,西宁, 810016; 5 青海省农林科学院,青海省高原林木遗传育种重点实验室,西宁, 810016
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17 卷, 第 25 篇   
收稿日期: 2018年11月09日    接受日期: 2018年12月06日    发表日期: 2019年08月05日
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摘要
为了全面了解独特、珍稀植物黑果枸杞果实中简单重复序列的分布特征及分布规律,为西北特有的珍稀种质资源的保存及合理的开发和利用提供遗传学和分子生物学理论依据,本研究利用 Illumina Hi SeqTM4000高通量测序平台对黑果枸杞进行 RNA-seq测序,再通过专业数据分析 MISA对测序所获得的 Unigene进行 SSR深入挖掘和特征分析。结果显示,黑果枸杞转录组测序共获得 101 466条 Unigenes,筛选搜索到含SSR位点的序列15 494条,共得到 20 269个SSR,发生频率为 19.98%。平均约每 4 kb出现 1个 SSR位点。黑果枸杞 SSR中主要重复单元类型为单碱基和二碱基重复,分别占 SSR总数的 74.83%和 12.68%,在统计的46种重复类型中(C/G)n 所占比例最高(14 652, 72.15%),其次是(AG/CT)n (1 195, 5.90%)、 (AT/AT)n (3.72%)和(AC/GT)n (3.04%)。在 SSR 序列长度方面,长度变化范围最大的为三碱基重复(15~39 bp),其次是单碱基重复(10~32 bp), SSR位点的频率与分布长度呈负相关。黑果枸杞转录组中 SSR 位点分布频率较高,重复单元类型丰富,分布密度大,具有较高的特异性和多态性,为研究黑果枸杞的遗传多样性及分子标记辅助育种等方面提供可靠的理论依据。
关键词
黑果枸杞(Lycium ruthenicum);转录组;SSR特征;引物设计

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《分子植物育种》印刷版
• 第 17 卷
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