研究报告

黑果枸杞 bHLH转录因子家族的生物信息学分析  

刘静 , 王翠平* , 朱强 , 严莉 , 陈建伟 , 董艳
宁夏林业研究院, 种苗生物工程国家重点实验室, 银川, 750004
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18 卷, 第 14 篇   
收稿日期: 2019年06月20日    接受日期: 2019年06月27日    发表日期: 2020年07月31日
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摘要

植物转录因子在植物的生长发育及其对外界环境的反应中起着重要的作用。BHLH转录因子是植物转录因子中最大的家族之一,不仅影响植物生长发育、胁迫响应,还参与调控信号转导和激素合成。为了丰富 bHLH家族在不同物种中的系统研究,本研究通过对枸杞属植物黑果枸杞的 bHLH家族进行全面分析和鉴定,结果表明,通过对注释得到的 132个非冗余的黑果枸杞 bHLH基因家族成员进行亚细胞定位预测,发现 81bHLH转录因子定位于细胞核中,48个定位于细胞外。黑果枸杞 bHLH蛋白含 2个保守结构域,碱性区含有高度保守序列 His5-Glu9-Arg13,与靶 DNA结合相关;螺旋区内 Arg-25Arg-55完全保守,参与二聚体形成。黑果枸杞 bHLH蛋白结构域有多个氨基酸位点保守性较高,其中 98bHLH蛋白具有 E-box结合功能,19个出现频率高于 50%的保守位点,属于 bHLH典型结构域序列特征。黑果枸杞 bHLH家族含有3种保守基序,黑果枸杞 bHLH基因全部成员可分为 22个亚族。随着黑果枸杞果实的发育,bHLH家族基因的表达存在差异,有 48bHLH转录因子基因随果实的发育成熟呈现出表达量上调,共有 41bHLH转录因子基因随果实的发育成熟表达下调。
 

关键词
黑果枸杞(Lycium ruthenicum Murr.);转录组测序;bHLH 家族;生物信息学分析;差异表达分析

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《分子植物育种》印刷版
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