研究报告/Research Report

基于菊芋转录组的SSR分子标记开发及鉴定  

杨世鹏1 * , 孙雪梅1 * , 王丽慧1 , 高洁铭1 , 李莉1, 2 , 田洁1, 2 , 赵孟良1 , 钟启文1, 2 **
1青海大学农林科学院青海省蔬菜遗传与生理重点实验室, 西宁, 810016;
2青海大学三江源生态和高原农牧业国家重点实验室, 西宁, 810016
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16卷, 第 21 篇   
收稿日期: 2017年06月28日    接受日期: 2017年07月18日    发表日期: 2018年01月26日
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摘 要

        利用菊芋(Helianthus tuberosus L.)转录组测序获得的63 089条Unigene (45.71 Mb)进行SSR查找分析,共检测出6 635个SSR位点,包含于5 452条Unigene中,出现频率为10.52%,SSR位点发生频率为8.64%,其中SSR位点的主要类型为二核苷酸重复,占总SSR的45.24%,其次为三核苷酸重复。SSR位点中共包含180种重复基序,其中出现频率较高的基序主要有AG/CT、ACC/GGT、ATC/ATG、AAG/CTT。设计36对多态性SSR引物组合进行扩增和多态性评价,其中,20对引物存在多态性差异,占55.56%。利用20对引物对18个菊芋资源样品进行多样性分析,分析表明,有效等位基因(Ne)在SSR位点上变化幅度较小;Shannon指数平均值为0.622;期望杂合度(He)和观察杂合度(Ho)平均值分别为0.434和0.447。系统进化树显示,菊芋资源可从块茎表皮颜色上分为白皮和红皮2大类。此外,从地域来源上进行聚类,能将18份菊芋种质资源聚为5类。以上分析表明,菊芋转录组测序产生的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,利用获得的SSR标记可为菊芋及其近缘种的遗传图谱构建、遗传多样性分析、基因组比较研究等提供丰富可靠的标记选择。

关键词
菊芋;SSR;转录组;标记开发
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• 第 16 卷
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