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白芨转录组特性分析 | 姜福星 | 《分子植物育种》官方网站

研究报告/Research Report

白芨转录组特性分析  

姜福星1 , 魏丕伟2 , 孙晓兰1 , 王亚娟3 , 高顺3 , 陈其兵1
1四川农业大学园林研究所, 成都 611130;
2四川理工学院生物工程学院, 自贡, 643000;
3四川农业大学生态林业研究所, 成都, 611130
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16卷, 第 11 篇   
收稿日期: 2017年10月10日    接受日期: 2017年12月22日    发表日期: 2018年04月19日
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摘 要

白芨(Bletilla striata)具有较高的药用、经济和观赏价值,但是其基因组和转录组序列未知,严重影响了其的研究开发和利用。本研究采用His4000测序平台对白芨的全株进行了转录组测序分析,共获得原始数据6.8G,有效数据6.7G, 243410条Unigene,经过与NR、GO、KOG及 KEGG等数据库进行比较分析后,83541条Unigene被注释到NR数据库,50178条Unigene被注释到GO数据库,10007条Unigene被注释到KOG数据库,43637条Unigene被注释到Swissprot数据库,15321条被注释到KEGG代谢途径中,2021条Unigene参与了糖类代谢,1309条Unigene参与了氨基酸合成和代谢,120条Unigene 参与了萜类合成,106条转录因子与代谢相关;微卫星位点有31958个,其中单核苷酸最多,15709个,占49.16%,其次为二核苷酸和三核苷酸,分别有9145和7104个,占28.62%和22.23%。本研究为白芨的重要功能基因挖掘、遗传育种及其研究开发提供了参考和依据。

关键词
白芨;转录组测序; 特性分析; 多糖
《分子植物育种》官方网站
• 第 16 卷
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