研究报告

马铃薯全基因组重测序和转录组的关联分析  

王艾平1* , 涂敏1 , 许悦1 , 詹雪峰1 , 蔡红2 , 陈荣华2
1 上饶师范学院生命科学学院, 上饶, 334001; 2 上饶市红日农业开发有限公司, 上饶, 334700
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 0 年, 第 16卷, 第 1 篇   
收稿日期: 2018年05月28日    接受日期: 2018年06月06日    发表日期: 2018年10月25日
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摘 要

本研究对怀玉山高山马铃薯和怀玉山本土农家薯的全基因组重测序和转录组进行关联分析。结果表明:在进行差异 Indel 分析后,共有 830 个候选转录本(726 个基因)与转录组数据进行了关联分析,其中共有 346 个基因在土豆中具有表达,共有 54 (15.6%)转录本是显著差异的,共有 219 (63.2%)转录本倍性变化2 (HAP 相对于 LAP 83 个上调, 136 个下调);在 CV 分析后,共有 428 个候选转录本(315 个基因)与转录组数据进行了关联分析,其中共有 221 个基因在土豆中具有表达,共有 35 (15.8%)转录本是显著差异的,共有 107 (48.4%)转录本倍性变化2 (HAP 相对于 LAP 39 个上调, 68 个下调);在进行 CNV 分析后,与转录组差异基因数据进行了关联分析,其中分类为 Amplification CNV 中,属于显著差异的,并且倍性变化2倍的 CNVHAP 相对于 LAP 22 个上调,48 个下调;分类为 Deletion CNV 中,属于显著差异的,并且倍性变化2 倍的 CNVHAP 相对于 LAP 571 个上调,1 331 个下调;分类为 Neutral CNV 中,属于显著差异的,并且倍性变化2 倍的 CNVHAP 相对于 LAP 8 个上调,20 个下调。本试验结果可为怀玉山高山马铃薯和怀玉山本土农家薯的品种鉴定和品种选育提供理论依据。

关键词
怀玉山马铃薯;全基因组重测序;转录组;关联分析
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• 第 16 卷
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