研究报告

槟榔转录组数据组装及基因功能注释  

代佳妮1 , 陈曦1 , 云一倩1 , 王勇2 , 于靖1*
1 海南大学热带农林学院, 海口, 570228; 2 海南师范大学生命科学学院, 热带岛屿生态学教育部重点实验室, 海口, 571158
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17卷, 第 12 篇   
收稿日期: 2018年11月30日    接受日期: 2018年12月25日    发表日期: 2019年05月15日
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摘 要

为了挖掘参与槟榔主要次生代谢产物生物合成与积累的关键酶基因,并明确其组织特异性,本研究以‘热研 1 号’槟榔雄花、雌花、种子、果肉为试验材料,用 Illumina HiSeqTM 2000 分别进行转录组测序,共获得 265 505 184 Clean reads 片段,组装后与 NrKOGKEGGSwiss-Prot 四大数据库进行比对,共有 78 798 Unigenes 被四大数据库注释,其中 NR 共注释 35 467 Unigenes,对比后发现槟榔与油棕、海枣等具有一定的相似性;Swiss-prot 共注释 23 722 UnigenesKOG 共注释 20 499 Unigenes,根据功能将槟榔转录组中
Unigene 分为 26 类;KEGG 共注释 20 499 Unigenes,有 10 009 Unigenes
被四大数据库同时注释。槟榔转录组数据库的建立,可以有效地为解决槟榔次生代谢调控方面研究空白及活性成分合成和积累的代谢途径尚未明确的问题给予强大数据支持。该研究所得结果有助于槟榔药用成分的大量生产,为槟榔药用价值的开发利用提供依据。
 

关键词
槟榔;转录组;基因功能
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• 第 17 卷
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