研究报告

特有植物短丝木犀(Osmanthus serrulatus)转录组微卫星特征分析  

陈林1,2** , 李龙娜3** , 杨国栋1,2 , 戴亚平1,2
1 南京林业大学南方现代林业协同创新中心, 南京, 210037;
2 南京林业大学生物与环境学院,南京, 210037;
3 南京农业大学农业生物学虚拟仿真实验教学中心, 南京, 210095
** 同等贡献作者
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2016 年, 第 14卷, 第 28 篇   
收稿日期: 2015年12月08日    接受日期: 2016年01月12日    发表日期: 2016年03月25日
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摘 要

利用MISA软件对短丝木犀花和叶芽转录组测序得到的92 798条独立基因(unigenes)进行SSR位点查找和分析,共搜索到11 881个SSR位点,除单碱基重复外,SSR出现频率为4.64%,分布密度为1/15.02 kb。二碱基和三碱基重复为短丝木犀SSR主要重复单元类型,分布占SSR总数的66.35%和30.42%。其中AG/CT和AAG/CTT分别为二碱基和三碱基重复单元的优势重复基元,分别占各自重复单元的63.21%、30.38%。短丝木犀SSR多为重复长度小于20 bp的短序列,长度大于20 bp的SSR仅占总数的13.47%。同时发现短丝木犀SSR的频率和长度呈显著负相关(P<0.01),相关系数为-0.408。另外,设计筛选得到2 435对SSR引物。短丝木犀转录组SSR位点出现频率高,类型丰富、多态性潜能较高。

关键词
短丝木犀;特有植物;微卫星;SSR;转录组测序
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• 第 14 卷
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