2. 东京大学亚洲生物资源环境研究中心, 东京, 188-0002
作者 通讯作者
基因组学与应用生物学, 2011 年, 第 30 卷, 第 38 篇 doi: 10.5376/gab.cn.2011.30.0038
收稿日期: 2011年06月24日 接受日期: 2011年06月27日 发表日期: 2011年07月05日
引用格式(中文):
董林会等, 2011,碱茅cDNA文库HCO3-抗性基因的筛选,基因组学与应用生物学(online), Vol.30 No.38 pp.1244-1249 (doi: 10.5376/gab.cn.2011.30.0038)
引用格式(英文):
Dong et al., 2011, Screening the resistance genes up-regulated by HCO3- from the cDNA library of Puccinellia tenuifolra, Jiyinzuxue Yu Yingyong Shengwuxue (Genomics and Applied Biology), Vol.30 No.38 pp.1244-1249 (doi: 10.5376/gab.cn.2011.30.0038)
碱茅(Puccinellia tenuifolra)为禾本科碱茅属的多年生草本植物,多分布于我国东北部平原盐碱地,是耐盐碱能力很强的植物。我们利用FOX hunting system功能基因筛选技术,用KHCO3胁迫从碱茅全长cDNA酵母文库中筛选到27个抗性基因。经过KHCO3胁迫抗性分析证明:这27个基因具有不同的抗KHCO3能力。通过生物信息学分析可将这27个基因分为6类:渗透调节相关基因1个、与光合作用相关基因5个、运输蛋白1个、酶类6个、信号转导相关基因3个,辅助因子1个和未知功能基因10个。为了证明筛选出的基因具有耐HCO3-能力,我们从中挑选了3个基因(Put17, Put22和Put27)进行34 mmol/L NaHCO3胁迫,结果显示这3个基因可能具有耐HCO3-能力。本研究为为进一步挖掘和探索抗盐相关基因打下良好基础。
盐胁迫是主要的非生物胁迫之一,世界耕地面积的20%和近一半的灌溉土地都受盐胁迫的影响(Flowers and Yeo, 1995)。中性盐(NaCl)和碱性盐(Na2CO3, NaHCO3)对植物有两种不同的压力,分别为盐,碱胁迫(石德成和殷立娟, 1993; Yang et al., 2007)。中国东北地区的盐碱土壤中主要含有Na2CO3和NaHCO3,土壤pH高达9,严重影响农业生产,是农业生产上面临的主要逆境胁迫(柳参奎等, 2004)。而培育耐盐碱转基因农作物是提高产量的有效途径之一。分子手段选育抗盐碱植物新品种是关键,从盐生植物中分离有抗盐碱功能的基因,为观赏植物,农作物等相关研究提供了丰富的耐盐碱基因。
弱碱盐NaHCO3胁迫,不仅提供了高Na+,高pH,HCO3-也会影响植物生长发育,也是胁迫因素之一(柳参奎等, 2006, 东北林业大学出版社, pp.4)。KHCO3作为胁迫研究抗逆相关基因的研究未见报道。
FOX hunting system (full-length cDNA over-expressing gene hunting system)是一种功能基因选择性筛选技术,能够系统说明植物基因功能。这种技术是通过将单个或几个全长cDNA转入模式植物中进行过量表达,能够产生大量显性突变,根据突变植株新的表型特征,最终鉴定转入基因的功能(Ichikawa, 2006)。
碱茅(Puccinellia tenuifolra)是禾本科碱茅属多年生草本,多分布于我国东北部平原盐碱地,是土壤盐碱含量较高地区建植草坪的理想草种(Zhang et al., 2011)。本研究利用实验室已经构建好的碱茅cDNA文库转入酵母菌株(Wang et al., 2011),得到碱茅cDNA酵母文库。利用KHCO3进行非生物胁迫处理,通过FOX hunting system功能基因筛选技术,通过看其表型筛选抗HCO3-的抗性基因,为进一步挖掘和探索抗盐相关基因打下良好基础。
1结果与分析
1.1 KHCO3胁迫筛选酵母菌株的分类
对KHCO3筛选出的27个抗逆性克隆测序后,在NCBI网站进行分析并查阅文献,将这27个基因进行分类,包括渗透调节相关蛋白1个、与光合作用相关蛋白5个、运输蛋白1个,酶类6个、信号转导相关蛋白3个,辅助因子1个和未知功能蛋白10个(表1)。
表1 KHCO3筛出的27个基因测序分类
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1.2 KHCO3胁迫筛选酵母菌株的抗性分析
在含Aureobasidin A的YPD培养基上,转入空载pAUR101的酵母菌株和27个碱茅pAUR101-cDNA酵母菌株的长势基本一致。在含32 mmol/L KHCO3的YP-U (Aureobasidin A)培养基中,可以观察到由于KHCO3的盐胁迫作用,转入pAUR101空载的酵母菌株的生长受到抑制,长势弱于碱茅pAUR101-cDNAs酵母菌株。27个pAUR101-cDNAs酵母菌株生长情况在不同程度上有所差异。图1现象表明,27个酵母菌在32 mmol/L KHCO3胁迫下具有耐受能力。其中含有Put22和Put27基因的菌株抗KHCO3能力最强,其次为含Put6、Put11和Put15~Put26基因的菌株抗性较强,其余酵母菌株长势稍强于对照菌株。
图1 转入空载pAUR101的酵母菌株(CK)和27个碱茅pAUR101- cDNAs酵母菌株在含不同浓度KHCO3的YP-U培养基上的抗性分析
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1.3部分基因的抗性验证
从筛出的27个抗逆性pAUR101-cDNAs酵母菌株中分别选出一个含未知基因Put22,一个含衰老相关蛋白同源性较高的Put17基因和含海藻糖六磷酸合成酶同源的Put27基因的3个菌株,为了进一步了解3个基因的抗HCO3-能力,对这3个酵母菌株进行不同浓度NaHCO3胁迫下的抗性分析。
由图2看出,在YPD对照板上pAUR101 (CK)菌株和pAUR101-Put17菌株的生长状态基本一致,pAUR101-Put17在34 mmol/L NaHCO3培养基上长势稍好于pAUR101 (CK)菌株,说明Put17基因对34 mmol/L NaHCO3有一定抗性。
图2 pAUR101 (CK)和pAUR 101-Put17酵母菌株在NaHCO3胁迫下的抗性分析
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从图3看出,pAUR101 (CK)和pAUR101-Put22在不加任何抗性的YPD培养基中长势基本一致,而pAUR101 (CK)酵母菌株在34 mmol/L NaHCO3上长势明显减弱,在37 mmol/L NaHCO3上生长完全受到抑制,而pAUR101-Put22酵母菌株的长势明显强于pAUR101 (CK)。结果说明Put22基因对37 mmol/L NaHCO3有较强耐受性,与KHCO3胁迫表现出的抗性结果一致。
图3 pAUR101 (CK)和pAUR101-Put22酵母菌株在NaHCO3胁迫下的抗性分析
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由图4可以看出,在YPD对照板上pAUR101 (CK)菌株和pAUR101-Put27菌株的生长状态基本一致,在不同浓度梯度的NaHCO3胁迫中,pAUR101-Put27的表达使其宿主菌长势良好;结果表明Put27基因对37 mmol/L NaHCO3有较强耐受性,与KHCO3胁迫表现出的抗性结果一致。
图4 pAUR101 (CK)和pAUR101-Put27酵母菌株在NaHCO3胁迫下的抗性分析
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2讨论
渗透调节相关基因Put27基因和大麦、小麦中的海藻糖糖六磷酸合成酶TPS同源性较高(XP002527520),TPS能够积累海藻糖,而体内海藻糖的积累能提高植物的抗逆能力(Romero et al., 1997),对干旱的耐受能力也很强,同时也影响植物的生长发育(Karim et al., 2007)。图1中KHCO3胁迫分析表明Put27基因对KHCO3胁迫表现出很强的抗性,目前此基因对HCO3-胁迫相关研究暂无报道,还需进一步研究。
光合相关蛋白中Put11基因和补光叶绿素a/b结合蛋白(ABO10493)同源性较高,在类囊体膜中除了进行光能吸收和传递之外,在维持类囊体膜的结构,调节激发能,在两个光系统之间的分配,光保护和对各种环境的适应等过程中都起着非常重要作用(Bassi, 1990; Bassi, 1997; Romero, 1997)。图1表明该基因在KHCO3胁迫中表现出较强的抗性;Put8基因和核酮糖二磷酸羧化酶(NP001104921)的同源性较高,核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶是植物光合作用过程中固定CO2的关键酶,同样也参与植物的光呼吸代谢途径,消耗植物光合作用合成的有机物(Ashida et al., 2005)。
F-box类蛋白可以通过SCF (skp1p-cullin-F-box protein)复合体或者非SCF复合体形式调控多种细胞过程,包括转录调控、信号转换和细胞周期转换等(Kuroda et al., 2002)。Put6,Put11基因比对后发现与F-box有同源性(NP001151035, EU969259),抗性分析表明对KHCO3有一定抗性。
Q9XFB6被推测为烟酰胺合成酶基因,是一种金属螯合剂,对于缺铁胁迫应答反应起重要作用(Kim et al., 2005)。它的催化产物烟酰胺(NA)是铁及其它二价金属离子在体内吸收和转运的重要载体,且能与Fe2+结合形成Fe2+-Na复合物,从而使植物在酸性土壤中免受铁毒害(Douchkov et al., 2005)。
经KHCO3胁迫筛选出的27个基因中有的与抗旱和抗盐胁迫相关,有的与氧化胁迫相关,有的与金属离子胁迫相关,但并没有发现与HCO3-直接作用的基因,推测可能会有间接的作用,对这些基因的耐盐机制还有待进一步研究。
Put17,Put22和Put27这3个基因对37 mmol/L NaHCO3均表现出较强的抗性,和Put22,Put27相比,Put17抗性相对较弱,有耐34 mmol/L NaHCO3的能力。3个基因对KHCO3,NaHCO3都有较强抗性,可以推测出这3个基因的表达有可能是与HCO3-有关,也有可能与高pH有关。
3材料方法
3.1菌株和载体
酵母菌株INVScI (Saccharomyces cerevisiae)、大肠杆菌JM109以及碱茅cDNA酵母文库由东北林业大学盐碱地生物资源环境研究中心提供。
穿梭型酵母表达载体pAUR101和载体pMD18-T购自TaKaRa公司。
3.2培养基
YP-U培养基:1%酵母提取物,2%蛋白胨,2%半乳糖。YPD培养基:1%酵母提取物,2%蛋白胨,2%葡萄糖。LB培养基:0.5%酵母提取物,1%蛋白胨,0.5% NaCl。
3.3 KHCO3筛选碱茅cDNA酵母文库
将碱茅全长cDNA基因文库(库容量为1.608 9×106 个克隆)连接到酵母穿梭型表达载体pAUR101上,转化到酵母INVScI菌株中,构建碱茅cDNA酵母文库(库容量为1.865×106个克隆)。按照每板3 000~4 000个克隆计算,在含有不同浓度KHCO3 (30 mmol/L, 32 mmol/L和37 mmol/L)的YP-U固体培养基上进行多次筛选,每个浓度做20个重复,基本含盖了全部碱茅cDNAs (以空白YP-U培养基为对照)。涂板后平板置于30℃的培养箱中倒置培养2~5 d。从高浓度到低浓度选取大约64个抗性克隆,通过在含有30 mmol/L KHCO3的YP-U的固体培养基上划线培养,最终确定主要研究27个抗性菌株,提取其DNA,进行PCR检测,回收片段后连接到pMD18-T上鉴定并测序。
3.4筛选获得的酵母菌株的总结分类
将已经测序的27个碱茅cDNA序列在NCBI网站(http://www.ncbi.nlm.nih.gov.)上进行BLAST比对后,查阅文献总结分析。
3.5筛选获得的酵母菌株的抗性分析
分别挑取固体培养基上转入对照(空载体pAUR101)质粒和(pAUR101-cDNA)文库质粒的酵母INVScI菌株的单克隆接种于2 mL含AbA (Aureobasidin A) YPD的液体培养基中,30℃匀速振荡培养约12~16 h。使用分光光度计测量各菌液的OD600的数值,并将所有菌株的菌液浓度调到OD600≈0.6。用无菌的去离子水洗酵母菌体2~3次,然后加入YP液体培养基将菌液分别稀释5个浓度梯度:10-1、10-2、10-3、10-4和10-5。分别取5 μL稀释好的酵母菌液涂布于YPD固体培养基和含有不同浓度KHCO3的YP-U固体培养基上,30℃培养2~5 d,观察并记录实验结果。
参考文献
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