微卫星或简单序列重复(SSR)是指以1~6个碱基为单位的串联重复序列。SSR包括完整型和不完整型两种。不完整型SSR是指其序列中存在个别不符合基序的碱基。SSR作为一种用途广泛的分子标记，其多态性水平越高则应用价值越大。本研究利用模式植物水稻的两个品种(籼稻93-11和粳稻日本晴)和拟南芥的两个生态型(Columbia和Lansberg)的基因组序列，以及稻瘟菌中245个SSR 标记的试验结果，对SSR序列完整性与多态性之间的关系进行了分析。结果表明，总体上三个物种都表现为不完整型SSR 的多态性比完整型SSR低，其中以稻瘟菌最为显著。水稻和拟南芥表现出相似的规律，其SSR序列完整性对多态性的影响都是以二核苷酸重复最为显著，而五核苷酸重复序列则基本不受影响；另外，SSR多态性水平与序列完整程度呈正相关关系，但轻微的序列不完整一般并不会降低SSR的多态性，甚至在拟南芥中还提高多态性。本研究结果对SSR标记的开发和SSR进化研究提供了有用的信息，具有重要的参考价值。