宋长新¹ , 雷萍² , 王婷¹

1 青海师范大学计算机学院, 青海, 810008;
2 深圳市水质检测中心, 深圳, 518000
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2013 年, 第 32卷, 第 11 篇   
收稿日期: 2012年09月25日    接受日期: 2012年10月23日

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WGCNA (weighted gene co-expression network analysis)算法是一种构建基因共表达网络的典型系统生物学算法，该算法基于高通量的基因信使RNA (mRNA)表达芯片数据，被广泛应用于国际生物医学领域。本文旨在介绍WGCNA的基本数理原理，并依托R软件包WGNCA以实例的方式介绍其应用。WGCNA算法首先假定基因网络服从无尺度分布，并定义基因共表达相关矩阵、基因网络形成的邻接函数，然后计算不同节点的相异系数，并据此构建分层聚类树(Hierarchical clustering tree)，该聚类树的不同分支代表不同的基因模块(module)，模块内基因共表达程度高、而分数不同模块的基因共表达程度低。最后，探索模块与特定表型或疾病的关联关系，最终达到鉴定疾病治疗的靶点基因、基因网络的目的。

WGCNA算法； 基因共表达网络； R软件