何闪 , 张淑杰 , 修乐山 , 邢朝斌

作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2013 年, 第 32卷, 第 38 篇   
收稿日期: 2013年01月29日    接受日期: 2013年02月28日

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为了分析鲨烯合酶(squalene synthetase, SS)基因密码子的使用方式及其影响因素，利用codon W和SPSS 16.0软件对47条来自不同物种的SS基因进行多元统计分析、对应性分析。SS基因密码子1~3位碱基的GC含量(GC1, GC2和GC3)依次为51.33%、34.65%和54.37%，3个位点的GC含量均呈极显著相关关系(p<0.01)，对应性分析的结果表明，第1轴显示30.71%的差异，有效密码子数和GC3、GC1和GC2的均值与GC3之间的相关性均达极显著水平(p<0.01)。筛选出的26个最优密码子的第3位碱基均为G或C。以MEGA 5.0构建的基于SS蛋白质序列的进化树比基于RSCU的聚类更符合传统的系统发育观点。SS基因密码子偏好以G/C结尾，使用模式受选择和突变影响中，突变对密码子偏好影响较大。

鲨烯合酶；密码子偏性；多元分析；聚类分析