刘沅 , 郑新娟 , 姜毅 , 孙远东 , 罗野婯 , 谭树华 , 金元昌 , 严明理 , 袁志栋

湖南科技大学生命科学学院, 湘潭， 411201
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2014 年, 第 33卷, 第 12 篇   
收稿日期: 2013年07月10日    接受日期: 2013年08月13日

这是一篇采用Creative Commons Attribution License进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用，版权所有人允许和同意第三方无条件的使用与传播。

microRNA (miRNA)是一类长度为18-25nt的单链小分子RNA。它可以调控基因的表达调控。通过与目标mRNA的特定位点的结合，从而抑制蛋白质的翻译或诱导该mRNA的降解。目前有关鱼类miRNA的相关研究相对较少，主要是对斑马鱼miRNA的研究。为发掘另一种鱼类模式生物——青鳉鱼(Oryzias latipes)的miRNA，利用BLAST同源搜索方法与比较基因组学方法，根据成熟miRNA的序列保守性以及miRNA前体（pre-miRNA）的二级结构的特征，对该模式生物的pre-miRNA进行了计算鉴定与分析。通过与miRBase19中已经发布的miRNA进行比较，在青鳉鱼基因组中共找到了56条新序列。设定miRNA基因间距的阈值为5000nt，新发现的与已知的pre-miRNA共形成31个基因簇。同时，这56条新发现的pre-miRNA可以划分到33个已知的基因家族中。

miRNA；BLAST；比较基因组学；青鳉鱼