许莹修 , 杜建厂

江苏省农业科学院经济作物研究所生物信息项目组，农业部长江下游棉花与油菜重点实验室，南京 210014
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2013 年, 第 32卷, 第 118 篇   
收稿日期: 2013年05月14日    接受日期: 2013年06月12日

这是一篇采用Creative Commons Attribution License进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用，版权所有人允许和同意第三方无条件的使用与传播。

LTR-逆转座子是构成基因组特别是植物基因组的重要组分。它们在寄主基因组的进化过程中起到重要作用。茄属植物是重要的经济作物和粮食作物，其中的马铃薯全基因组序列的公布为进一步研究其遗传组成和演化提供了基础。本文以马铃薯全基因组序列为材料，用结构分析和同源比对的方法分离得到9 318个完整的LTR-逆转座子，7 281个非完整(truncated) LTR-逆转座子元件和3 657 个 solo LTR 元件。进一步研究表明， gypsy 类转座子在距今 2 百万年(million years ago, MYA)时转座活性被抑制，而 copia 类元件活跃至今。马铃薯和番茄比较基因组学的研究表明，LTR-逆转座子序列变异率为18.73%，远高于基因序列的7.37% 和 CDS 序列的 5.01%。

LTR-逆转座子；基因组序列； 插入时间； 马铃薯