东兴金花茶SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选  

唐建民1,2 , 陈宗游2,3 , 韦霄2 , 史艳财2 , 柴胜丰2 , 孔德鑫2
1 广西师范大学生命科学院, 桂林, 541004; 2 广西壮族自治区中国科学院广西植物研究所, 桂林, 541006; 3 广西大学农学院, 南宁, 530004
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2014 年, 第 33卷, 第 46 篇   
收稿日期: 2013年10月30日    接受日期: 2013年12月04日
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摘 要

采用L16(45)正交设计试验对东兴金花茶SSR-PCR反应的五因素(Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶和模板DNA浓度)四水平进行了优化,并通过梯度PCR确定最佳循环次数和退火温度,最终确定东兴金花茶最佳反应体系(15μL)及扩增条件为:Mg2+1.50mmol/L、dNTP 0.30mmol/L、引物0.40 μmol/L、Taq酶0.7 5U、模板DNA 40.00 ng;最佳扩增程序为:94℃ 预变性5 min;94℃变性30s,58℃退火30s(因引物而异,该温度为引物CN10的退火温度),72℃延伸40s,共36个循环;72℃最后延伸10 min。采用优化后的SSR-PCR体系及扩增条件,将已公布的31对同属植物SSR引物(4对茶树、7对山茶和20对金花茶引物)运用于东兴金花茶扩增,结果表明山茶属的不同植物之间可以共享部分SSR引物信息,东兴金花茶获得了9对能扩增出条带清晰且具有多态性的引物,引物最适退货温度为54~60℃,观测杂合度(HO)和期望杂合度(HE)分别为0.433~1.000和0.391~0.932。

关键词
东兴金花茶; SSR-PCR; 体系优化;引物筛选
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基因组学与应用生物学
• 第 33 卷
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