韩丽珍^1,2 , 李翠翠^2,3 , 赵德刚^1,2,3

1 贵州大学绿色农药与农业生物工程国家重点实验室培育基地，贵阳，550025
2 贵州大学生命科学学院山地植物保护与种质创新省部共建教育部重点实验室，贵阳，550025
3 贵州大学贵州省农业生物工程重点实验室，贵阳，550025
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2014 年, 第 33卷, 第 83 篇   
收稿日期: 2014年04月16日    接受日期: 2014年05月14日

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本文以2,4-二氯苯氧乙酸高效降解菌Cupriavidus campinensis BJ71菌株中克隆的tfdA基因全序列为研究对象，利用生物信息学方法分析该基因及其推测出的编码蛋白理化性质、蛋白的亲水性或疏水性及亚细胞定位、预测信号肽、跨膜结构域、蛋白二级结构及模体、三级结构等特性。结果表明，BJ71菌株的tfdA基因开放阅读框全长864bp，系统发育树表明其属于Ⅰ族tfdA基因。TfdA蛋白包含287个氨基酸，分子量为32KD、理论等电点为6.01，是一种不含信号肽、定位于细胞质中的可溶性亲水蛋白。α螺旋和无规卷曲是该蛋白主要的二级结构元件。用RaptorX进行三级结构建模、Ramachandran评估显示获得了合理可靠的TfdA蛋白结构模型。

2,4-D降解基因； tfdA； 系统发育树；生物信息学分析