蒙冰^1,2 , 钟诚¹ , 何勇强² , 刘伟² , 王志强²

1广西大学计算机与电子信息学院, 南宁, 530004; 2亚热带农业生物资源利用与保护国家重点实验室, 南宁, 530004
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2014 年, 第 33卷, 第 187 篇   
收稿日期: 2014年10月02日    接受日期: 2014年10月30日

这是一篇采用Creative Commons Attribution License进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用，版权所有人允许和同意第三方无条件的使用与传播。

启动子识别问题是生物信息学中重要研究问题之一。由于生物序列的复杂性和特殊性，研究更符合生物学数据特征的启动子发现方法具有重要意义。十字花科黑腐病菌是一种能引起所有十字花科植物黑腐病的重要病原细菌。本文建立3目标的优化计算模型，运用基于带精英策略的非支配排序遗传算法设计启动子识别算法对十字花科黑腐病菌数据集中的保守片段（Motif）进行挖掘。实验结果表明，与已有的相关算法相比，本文给出的算法无须指定候选启动子序列长度，获得了多组不同支持度的候选启动子序列供决策者选择，算法高效、扩展性好，可以适用于求解多种不同长度序列数据的启动子识别问题。

生物序列；启动子；Motif；多目标优化；遗传算法；十字花科黑腐病菌