苏惠 , 李永光 , 谭文雍 , 滕卫丽 , 李文滨

东北农业大学, 大豆生物学教育部重点实验室, 哈尔滨, 150030
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2015 年, 第 34卷, 第 81 篇   
收稿日期: 2015年01月06日    接受日期: 2015年01月30日

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本研究对10种生物的谷氨酸脱氢酶gdhA基因进行了密码子使用分析。结果表明：gdhA基因在10种生物中密码子使用偏好性差异较大，水稻、痢疾杆菌、柠檬酸杆菌、大肠杆菌的有效密码子数（Effective Number of Codons，ENc）值均在40左右，说明水稻、痢疾杆菌、柠檬酸杆菌、大肠杆菌的密码子使用偏好性较强；其余6种生物的ENc值均在50左右，差异并不大，说明其余6种生物的密码子偏好性要相对弱些。水稻、痢疾杆菌、柠檬酸杆菌、沙门氏菌、地衣芽孢杆菌和大肠杆菌这6种生物的gdhA基因在编码时偏好使用G或C结尾的密码子；玉米、大豆、蓖麻及拟南芥这4种生物的gdhA基因在编码时偏好使用A或T结尾的密码子。在10种生物中，密码子CUA、UAG的RSCU（Relative Synonymous Codon Usage）值均小于1，属于使用频率较低的密码子；其余各种密码子在不同生物中均表现出不同的偏好性。在聚类分析中，10种生物基于gdhA基因密码子用法与基于CDS序列的聚类结果大体一致。 根据密码子分析的结果，对gdhA基因进行密码子优化，以期提高在大豆中的表达水平。

gdhA基因；密码子偏好性；密码子优化