何广海¹ , 张智俊¹ , 罗淑萍²

1. 亚热带森林培育国家重点实验室培育基地, 浙江农林大学, 临安, 311300
2. 新疆农业大学农学院, 乌鲁木齐, 830052
1 亚热带森林培育国家重点实验室培育基地，浙江农林大学，杭州临安 311300
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2011 年, 第 30卷, 第 16 篇   doi: 10.5376/gab.cn.2011.30.0016
收稿日期: 2011年03月17日    接受日期: 2011年05月06日    发表日期: 2011年05月10日

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推荐引用：

引用格式(中文)：
何广海等,2011,姜黄EST-SSR信息分析与标记开发,基因组学与应用生物学(online),Vol.30 No.16 pp.1098-1104 (doi: 10.5376/gab.cn.2011.30.0016)
引用格式(英文)：
He et al.,2011, Information analysis and molecular marker exploitation of EST-SSR in Curcuma longa L, Jiyinzuxue Yu Yingyong Shengwuxue (Genomics and Applied Biology), Vol.30 No.16 pp.1098-1104 (doi: 10.5376/gab.cn.2011.30.0016)

 

为从现有的姜黄EST数据中获取有效的微卫星标记，我们从NCBI网站上下载了12 593条姜黄EST序列，然后利用在线程序Websat对所有下载的EST序列进行搜寻SSR位点并设计引物。对于已设计出引物的EST序列，通过重复类型、Tm值和引物序列比对去除冗余EST，得到12 513条无冗余EST序列，全长为8 441.73 kb。结果共搜索到565个SSR位点，出现频率为4.52%，平均分布距离为14.94 kb，其中有452个位点能设计出引物(占80%)。在姜黄EST-SSR中，三、六核苷酸重复基元是主导类型，分别占总SSR的42.30%和34.34%；TA/AT是二核苷酸优势重复基元，占二核苷酸总数的42.42% (28/66)。根据重复类型所占比例随机选取30对引物，以生姜基因组DNA为模板，对引物进行筛选，20对引物检测到多态性，有效扩增率为66.67%。结果证明，基于姜黄EST信息建立SSR标记是可行的且在姜科植物中具有通用性。

姜黄；EST-SSRs；引物