戚文华¹ , 蒋雪梅² , 杜联明³ , 肖国生¹

1重庆三峡学院生命科学与工程学院, 重庆, 404100; 2重庆三峡学院环境与化学工程学院, 重庆, 404100; 3四川大学生命科学学院, 四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室, 成都, 610064
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基因组学与应用生物学, 2015 年, 第 34卷, 第 218 篇   
收稿日期: 2015年06月01日    接受日期: 2015年06月30日

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微卫星（simple sequence repeats，SSRs）广泛分布于原核生物和真核生物基因组中，包括编码区和非编码区，是最常用的分子标记。本文利用生物信息学方法搜索和统计了牦牛和水牛全基因组中完整型SSRs序列，并对其生物信息学特征进行比较分析。牦牛和水牛全基因组中SSRs总数量分别为968 134个和1 052 443个，占其全基因组长度的比例分别为5.80‰和5.69‰。牦牛和水牛全基因组SSRs总丰度（366.01 vs 371.07个·Mb^-1）和总密度（5686.00 vs 5799.34 bp·Mb^-1）基本一致。牦牛和水牛全基因组SSRs六种重复类型的数量、比例、丰度和密度分布模式如下：单核苷酸SSRs > 二核苷酸SSRs > 三核苷酸SSRs > 五核苷酸SSRs > 四核苷酸 SSRs > 六核苷酸SSRs，这六种重复类型SSRs特征相互比较有显著差异，而相同重复类型SSRs特征基本一致。水牛第1条染色体上SSRs数量最多（72 934个），其次依次是第2、3、4条染色体，而较少的是第23、24条染色体，其所有染色体上SSRs丰度不存在显著差异（P > 0.05）。牦牛和水牛SSRs序列随着重复单元中核苷酸数量的增加，而其重复拷贝数逐渐下降。牦牛全基因组和水牛各染色体上各重复类型优势SSRs序列基本一致，并与普通牛、绵羊全基因组中不同重复类型SSRs优势序列相一致。

牦牛；水牛；基因组；微卫星序列；生物信息学