秦剑秋 , 裴建新 , 林新勤 , 王亮 , 黄莉 , 刘海燕

南宁市疾病预防控制中心, 南宁, 530023
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2015 年, 第 34卷, 第 292 篇   
收稿日期: 1970年01月01日    接受日期: 1970年01月01日

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利用生物信息学软件和数据库研究南宁市2009~2012年度A (H3N2)亚型流感病HA基因的遗传变异规律及蛋白结构变化。通过RT-PCR扩增H3N2病毒HA基因并测序，同源比对统计毒株氨基酸位点的差异、构建系统进化树分析进化规律和同源建模分析蛋白结构的变化。系统进化树表明53株HA基因序列被分为4个类群，呈多侧支流行；所有毒株的二硫键和受体结合位点(RBS)高度保守；部分毒株HA在第45位点增加一个糖基化位点，在第144位点丢失一个糖基化位点；HA抗原决定簇氨基酸累计有30个位点发生变异，涉及5个抗原决定簇；HA晶体结构分析抗原决定簇突变位点主要发生在无规则卷曲处，大多数替换的氨基酸种类和性质相同或相似。南宁市A(H3N2)亚型流感病毒株变异活跃，2012年A (H3N2)亚型流感病毒与当年WHO推荐的疫苗株具有较远的进化距离，多数毒株具备了形成新变种的条件，是否形成新的流行株，有待深入研究。

A (H3N2)亚型流感病毒；血凝素；蛋白结构；遗传变异；同源建模