李思楠¹ , 张超¹ , 马彦龙¹ , 王玲爽¹ , 金杨媚¹ , 于以成¹ , 李文滨¹ , 苏安玉² , 武小霞¹

1.大豆生物学教育部重点实验室, 东北农业大学农学院, 哈尔滨, 150030; 2东北农业大学资源与环境学院,哈尔滨, 150030
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基因组学与应用生物学, 2015 年, 第 34卷, 第 316 篇   
收稿日期: 1970年01月01日    接受日期: 1970年01月01日

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生长素响应因子(Auxin response factor, ARF)在植物生长和发育中起到了非常关键的作用。本研究利用实验室前期转录组测序技术得到的差异表达基因GmARF，并应用PLACE数据库、Interpro、expasy 数据库、SOPMA 、Phyre、Protscale、MEGA5等工具对该基因的启动子元件、编码氨基酸的功能、亲水性、等电点、二级结构、三级结构、同源进化树及KEGG通路进行分析。并研究了对其在外源激素处理下的表达分析。结果表明：其前体序列具有很多与再生相关的响应元件，理论等电点为6.28，稳定系数为60.45，属于不稳定蛋白，GmARF编码的蛋白属于生长素蛋白，有一个B3超家族的保守结构域，一个生长素响应因子，以及一个PB1结构域，二级结构中23.33%为α螺旋结构，49.67%为不规则卷曲，8.59%为β转角，18.42%为延伸链，三级结构共有194个氢键，9个螺旋结构，32个转角结构，亲水性平均系数为-0.497，GmARF基因与苜蓿亲缘较近，其KEGG通路属于植物激素信号调节通路中色氨酸代谢途径，qRT-PCR结果表明在外源激素处理下，GmARF的表达量显著提高，说明GmARF基因作为正调控因子参与大豆再生过程。上述结果初步分析了GmARF基因编码氨基酸的生物信息学及表达情况，对今后进一步研究该基因的功能，提高大豆再生率，建立稳定的大豆再生体系提供了理论基础。

GmARF；大豆；再生；生物信息学