李继洋¹ , 何丹¹ , 杨渡² , 韩盛² , 托乎提·艾买提³ , 玉山江·麦麦提²

1新疆农业大学, 乌鲁木齐, 830000; 2农业部西北荒漠绿洲作物有害生物综合治理重点实验室/新疆农业科学院植物保护研究所, 乌鲁木齐, 830091; 3新疆农业科学院墨玉农业试验站, 乌鲁木齐, 830091
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基因组学与应用生物学, 2015 年, 第 34卷, 第 391 篇   
收稿日期: 1970年01月01日    接受日期: 1970年01月01日

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利用同源克隆的方法，扩增获得了新疆16个地区CMV病毒分离物CP蛋白基因全长序列，16个地区CMV病毒分离物CP蛋白基因全长约1100 bp，最大开放阅读框介于630-690bp，编码约210个氨基酸，蛋白质大小约25 KD。序列比对发现16个地区CMV病毒核酸序列的3’末端非编码区保守性较低，编码区及其5’端序列保守性较高，氨基酸序列的两端均存在不同数量的变异位点，根据CMV病毒同源性比对结果，16个地区病毒均属于同一CMV亚组。通过核酸序列构建的分子进化树分析发现，16个地区CMV病毒与国内外15个地区病毒分离物均存在较大差异，本研究分离获得的新疆16个地区CMV病毒衣壳蛋白基因序列则存在较高同源性且不同地区病毒分离物间相对遗传距离差异较小，统计分析显示，新疆CMV分离物组内核酸序列相对遗传距离差异不显著，相比参考序列，其差异则极显著，这一结果与聚类分析结果能够得到相互印证。分析认为，不同地区CMV病毒CP蛋白基因虽然与外来地区病毒基因存在较大差异，但由于本研究分离的新疆16个地区CMV病毒衣壳蛋白基因序列存在较高同源性且病毒受不同理化条件的影响往往存在不同程度的变异率，因此认为，分离获得的新疆16个地区CMV病毒可能受地理位置、气候等因素的影响，其基因组中存在异于其他地区不同程度的变异趋势与类型，导致相应蛋白质稳定性也随之发生变化，从而更好的适应在新疆甜瓜植株上的侵染和定殖。

新疆；CMV；克隆；序列分析；序列差异性