李秀璋¹ , 宋辉² , 李春杰¹

1草地农业生态系统国家重点实验室, 兰州大学草地农业科技学院, 兰州, 730020; 2山东省农业科学院生物技术研究中心, 济南, 250100
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基因组学与应用生物学, 2015 年, 第 34卷, 第 374 篇   
收稿日期: 1970年01月01日    接受日期: 1970年01月01日

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密码子使用偏好性作为功能基因组重要的进化特征而被广泛报道，但是对于真菌线粒体基因组密码子使用偏好性的研究相对较少。本试验以茄腐镰孢线粒体基因组为研究对象，运用Codon W软件及RSCU在线软件对所筛选到的22条编码基因密码子3个位置上的GC含量、有效密码子数、同义密码子使用频率和最优密码子进行了分析。同时，确定了茄腐镰孢线粒体基因组的最优密码子, 并探讨了影响密码子偏性形成的相关因素。分析结果表明，茄腐镰孢线粒体密码子3位的GC含量为GC1(32.7%)>GC2(28.0%)> GC3(19.7%)，第3位GC含量明显小于第1、2位，表现出对以A或者T结尾的密码子发生较强烈的偏向使用；且确定的21个最优密码子中有20个以A或者T结尾。TGA为茄腐镰孢线粒体基因组偏好使用的终止密码子，其相对使用频率为1.58。通过中性绘图及ENC分析得出茄腐镰孢线粒体基因组密码子的使用偏好受到选择作用和突变压力的共同影响，选择作用为主要影响因素。

茄腐镰孢；真菌；线粒体基因组；密码子偏好性；最优密码子