冯琛 , 陈清 , 汤浩茹

四川农业大学园艺学院, 成都, 611130
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2015 年, 第 34卷, 第 375 篇   
收稿日期: 1970年01月01日    接受日期: 1970年01月01日

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从长势良好‘阿拉好’黑莓(Rubus spp.)的果实中提取并分离总RNA，反转录成cDNA，根据已登录的黑莓转录组数据，参考其他植物透明外种皮基因（TRANSPARENT TESTA 12，TT12）设计引物，通过RT-PCR扩增得到目的条带，命名为RuTT12-1。序列分析发现：RuTT12-1基因全长1659 bp，具有一个1464 bp的开放阅读框，编码486个氨基酸，蛋白质分子量为53.09 kD，等电点为5.416。同源性分析表明，其核苷酸序列与其它植物TT12同源基因的一致性为71%-89%。实验分析表明，RuTT12-1蛋白含有两个MATE结构域，说明此基因属于MATE家族；亚细胞定位预测显示，此基因定位于细胞质膜。蛋白二级结构预测显示，RuTT12-1蛋白有15个α-螺旋，19个β折叠区，21个β-转角，其大多数氨基酸为具有疏水性。本研究初步了解了该基因的生物学信息特征，有助于今后进一步了解其相关功能，进而揭示花青素苷和原花青素由细胞质转移到细胞中央大液泡的转运过程。

黑莓；TT12 (TRANSPARENT TESTA 12)基因；克隆；生物学信息分析