罗洪 , 胡莎莎 , 吴琦 , 姚慧鹏

四川农业大学生命科学学院, 雅安, 625014
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2015 年, 第 34卷, 第 350 篇   
收稿日期: 1970年01月01日    接受日期: 1970年01月01日

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本研究利用软件CodonW、CUSP和SPSS对甜荞43条叶绿体基因序列进行密码子偏爱性分析和对应性分析，获得CG、ENC、RSCU等参数，并把甜荞和马铃薯、陆地棉、水稻、小麦等植物进行聚类分析。碱基组成结果显示，CG3明显低于CG1和CG2，说明甜荞叶绿体基因密码子偏爱A或T结尾；中性绘图分析、ENC与CG3s相关性分析以及对应性分析表明，密码子偏爱性主要受选择作用的影响，但存在部分功能基因(如光合系统基因)主要受突变作用调控；基于RSCU的聚类分析表明，甜荞既不属于单子叶植物，又异于其他双子叶植物，其叶绿体基因密码子用法比较特殊。以上述为基础，确定了甜荞叶绿体的14个最优密码子。该研究成果可为进一步确定甜荞在植物分类学中的位置奠定基础，从而对现有的系统发育树进行重要补充。此外，该结果对甜荞叶绿体中某些未知功能基因的预测、发现新基因、提高以甜荞为目的宿主的外源基因的表达量都具有重要意义。

甜荞叶绿体；CG；ENC；RSCU；聚类分析