李满枝¹ , 龙海侠² , 王洪涛¹ , 付海艳²

1海南师范大学数学与统计学院, 海口, 571158; 2海南师范大学信息与科学学院, 海口, 571158
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2016 年, 第 35卷, 第 235 篇   
收稿日期: 2016年01月05日    接受日期: 2016年02月08日

这是一篇采用Creative Commons Attribution License进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用，版权所有人允许和同意第三方无条件的使用与传播。

多序列比对是生物信息学的一个重要研究内容，比对结果高度依赖于比对工具的参数设置，包括空位罚分（GOP和GEP）以及替换矩阵。本文基于BAliBASE3.0数据库，应用MAFFT工具(MAFFT-7.220-WIN64 version)进行多序列比对，得出替换矩阵和空位罚分的最优参数组合，从而得到更好的比对结果。通过与MAFFT(MAFFT-7.220-WIN64 version)、CLUSTALW（ CLUSTALW-2.1-WIN）的默认参数比较，实验结果表明，根据本文得出的最优参数组合可以得到比默认参数更优的比对结果。本文给出的最优参数组合优化了多序列比对结果，具有可行性和高效性。

多序列比对；替换矩阵；空位罚分；MAFFT比对工具