陈淼林 , 许杰

上海交通大学生命科学技术学院, 上海, 200240
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2016 年, 第 35卷, 第 334 篇   
收稿日期: 2016年04月12日    接受日期: 2015年05月19日

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世界范围内过敏症状的流行趋势日益严峻，水稻作为单子叶模式植物和人类主要粮食作物，对于水稻中致敏性物质的研究具有重要意义。但目前基于水稻全基因组水平预测和分析过敏原的研究尚缺少相关报道。本文利用生物信息学方法在全基因组层面上，在水稻基因组数据库中和过敏原数据库中，共筛选和获得了657个过敏原基因/蛋白（属于109个蛋白家族），并进一步对这些候选的水稻过敏原基因/蛋白进行了表达模式、家族分类和功能预测分析；以及在进化上分析了水稻过敏原基因/蛋白家族成员的同源蛋白在低等到高等植物中分布情况，结果表明致敏性可能随着基因家族中成员的功能分化而变化；进一步结合水稻花粉和种子转录组芯片数据，细化分析和获得了148个水稻花粉过敏原和116个水稻种子过敏原，并在基因家族和功能分类上进行了对比分析。本研究结果初步明确了水稻过敏原基因/蛋白家族的进化特点、组织表达特性和生物学功能，为进一步揭示水稻过敏原基因/蛋白家族分子进化规律和生物学功能奠定了基础。

水稻；预测；过敏原；转录组；功能分析