李怡 ¹ , 杨慧林 ^1,2 , 张志斌 ¹ , 颜日明 ¹ , 汪涯 ² , 朱笃 ^1,2

1江西师范大学生命科学学院, 江西省亚热带植物资源保护与利用重点实验室, 南昌, 330022; 2江西科技师范大学生命科学学院, 江西省生物加工过程重点实验室, 南昌, 330013
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基因组学与应用生物学, 2016 年, 第 35卷, 第 110 篇   
收稿日期: 2016年02月01日    接受日期: 2016年03月01日

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小单孢菌Micromonospora rifamycinica AM105是一种高GC含量的革兰氏阳性放线菌，分离自中国南海红树林沉积物，能够合成利福霉素类抗生素。目前，还没有相关研究报道Micromonospora rifamycinica的全基因组序列，这限制了代谢产物合成途径和比较基因组学等研究。本研究首次通过高通量测序技术对小单孢菌AM105进行全基因组测序，使用Velvet软件进行组装拼接得到388个Contigs，整个基因组大小约6.85 Mbp，GC含量为73.1%，序列已提交至美国国立生物技术信息中心(NCBI)的GenBank数据库(LRMV01000000)。本研究同时对基因组序列进行了基因预测与功能注释、COG和GO聚类分析及次级代谢产物合成基因簇预测等，相关研究结果将为小单孢菌Micromonospora rifamycinica的功能基因组学研究提供基础数据。

小单孢菌；全基因组测序；利福霉素；基因簇；功能基因组学