1上海海事大学信息工程学院, 上海, 201306; 2美国罗文大学生物化学系, 新泽西, 08028
作者 通讯作者
基因组学与应用生物学, 2016 年, 第 35卷, 第 164 篇
收稿日期: 2016年01月01日 接受日期: 2016年02月02日
作者 通讯作者
基因组学与应用生物学, 2016 年, 第 35卷, 第 164 篇
收稿日期: 2016年01月01日 接受日期: 2016年02月02日
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摘 要
系统性红斑狼疮(Systemic Lupus Erythematosus,SLE)是一种病因尚未确定的免疫性性疾病。乳腺癌(Breast Cancer,BC)即乳腺恶性肿瘤,是女性常见的恶性肿瘤之一。乳腺癌患者体内众多免疫功能低下,其免疫系统无法识别并杀死癌细胞,而系统性红斑狼疮患者体内免疫系统反应过度强烈,产生大量抗体攻击自身细胞,可见两种疾病均与免疫系统息息相关但调控结果背道而驰,目前这一机制尚不明确。基于此,本文从基因之间的关联性考虑,首先利用互信息(Mutual Information,MI)方法筛选出1250个SLE与BC共有显著基因,其次将这些基因利用David分析,得到37个转录因子及其调控的378个靶基因,然后采用快速网络成分分析算法(Fast network component analysis,FastNCA)分别预测SLE和BC发病过程中转录因子活性以及对靶基因调控强度的变化,并构建调控网络。经过两种疾病调控网络对比,发现AKT2、CCAR1、MTF2、RUFY2等基因在这两种疾病中活性变化明显相反,并且通过分子生物学分析,它们在有丝分裂,细胞凋亡,免疫反应以及炎症反应过程中的变化对SLE与BC的致病具有重要作用。
关键词
系统性红斑狼疮;乳腺癌;互信息;快速网络成分分析
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