李慧敏^1,3 , 杨志刚² , 江绍萍¹

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基因组学与应用生物学, 2016 年, 第 35卷, 第 388 篇   
收稿日期: 2016年05月10日    接受日期: 2016年06月10日

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研究表明，第一内含子可能参与基因转录调控。利用Markov链方法在小鼠核糖体蛋白(ribosomal protein)基因上游至第一内含子序列中抽提出一批高频出现模体(over-represented motifs)，这些模体大部分与TRANSFAC中收集的小鼠基因转录因子结合位点吻合，是潜在的调控元件。将这些模体两两组合，利用超几何分布(Hypergeometric distribution)和曼-惠特尼U检验(Mann-Whitney U test)获得了133对潜在转录调控模体对，其中一些与已知具有相互作用的转录因子对吻合，且大部分为协同作用。对抽提的模体对在不同区域中的出现情况进行分析，发现模体对主要出现在“上游-上游”(95.5%)和“上游-内含子”(57.9%)区域。结果进一步支持了内含子参与转录调控的假设，并且推测上游与内含子之间具有转录协同作用。

小鼠核糖体蛋白基因；内含子；组合调控；区域偏好；协同作用