赵新民¹ , 叶湘漓² , 龙立平¹ , 刘石泉¹ , 邓中日¹

1湖南城市学院化学与环境工程学院, 益阳, 413000; 2湖南师范大学医学院, 长沙, 410000
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2016 年, 第 35卷, 第 514 篇   
收稿日期: 2016年07月25日    接受日期: 2016年08月28日

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采用整合正则模式分析(NMA)的Flexserv程序、WEBnm@程序和TTM@程序分析了杀蚊苏云金芽孢杆菌毒素Cry4Ba的柔韧性。对模拟结果进行了主成分、B-因子、低频振动下的归一化原子平方位移和氨基酸残基运动相关性计算，并对Cry4Ba结构域Ⅰ的α4和α5螺旋在细胞膜中的运动进行了模拟。结果表明，Cry4结构域Ⅰ和结构域Ⅱ的表现较大柔韧性，其中N端结构域Ⅰ的螺旋α3、α4和α5柔性表现较大。α4和α5螺旋在细胞膜中的旋转运动、平动、滑动和倾斜运动具有相似的幅度和方向，α4和α5的运动具有较好的协同性。结构域Ⅱ的顶端3个突环都表现较大的柔韧性。各个结构域内部的氨基酸残基运动具有一定的相关性，而各结构域之间运动的相关性较小。研究结果支持Cry4Ba结构域Ⅰ在细胞膜上形成孔道的伞状模型机制并显示结构域Ⅱ顶端突环重要性。

蚊虫；苏云金芽胞杆菌；Cry4Ba；正则模分析；柔韧性