郑金金 , 贺宝玲 , 李巍伟 , 唐红梅 , 胡芬 , 高爽 , 赵丽娜

华北理工大学生命科学学院, 唐山, 063000
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2016 年, 第 35卷, 第 224 篇   
收稿日期: 1970年01月01日    接受日期: 1970年01月01日

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 常规的应用计算机软件注释基因存在缺陷，目前对基因组的准确注释依然是一项富有挑战性的任务，本研究旨在应用蛋白质基因组学(Proteogenomics)方法完善福氏志贺菌的基因组注释。提取福氏2a志贺菌301株(Sf2a301)的全菌蛋白，胰蛋白酶水解的肽混合物经二维液相色谱分离、在线ESI串联质谱分析，质谱数据检索Sf2a301的6个读码框数据库，鉴定结果进一步经过生物信息学分析和实验验证。本研究共验证了729个Sf2a301已注释基因的蛋白编码产物，鉴定蛋白在分子量、等电点和疏水性等理化性质方面的分布与Sf2a301基因组已注释蛋白的趋势一致。共发现了6个未注释的新基因，新基因得到了RT-PCR在转录水平上的进一步验证。蛋白质基因组学能够有效的完善志贺菌的基因组注释，不仅验证了已注释基因，而且能够发现新的基因补充其原有基因组注释库，这种策略有望被推广到其他经过测序的生物体基因组注释工作中。

福氏志贺菌；蛋白质基因组学；基因组注释；液质联用