谭诚¹ , 胡祖权¹ , 龙金华² , 邱伟¹ , 刘丽娜¹ , 贾义¹ , 曾柱¹

1贵州医科大学生物与工程学院, 贵阳, 550025; 2贵州医科大学附属肿瘤医院头颈肿瘤科, 贵阳, 550004
作者    通讯作者
基因组学与应用生物学, 2017 年, 第 36卷, 第 31 篇   
收稿日期: 2016年08月16日    接受日期: 2016年09月15日

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为进一步深入理解不同分化阶段树突状细胞(dendritic cells, DCs)的生物物理学特性和免疫学功能的差异。从CEO数据库获得CD14⁺单核细胞(monocytes, mon)及其诱导而成的未成熟DCs (immature DCs, imDCs)的mRNA表达数据(芯片编号: GSE15076)，利用R语言软件(RGui 3.2.3)解析原始数据并筛选差异基因。进一步利用STRING online-工具筛选核心差异基因(可信度≥0.4)，Cytoscape软件构造蛋白质相互作用网络图。对STRING online-工具筛选核心差异基因进行京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)分析。实时荧光定量PCR技术检测mon及imDCs部分核心差异基因CCNB1，CDK5，IL-6和TNF在基因水平上的表达情况。imDCs相对于mon表达的差异的基因共3 371个(imDCs与mon对比，表达变化倍数≥2, p-Value<0.05)，其中上调基因为2 396个，下调基因为975个，通过进一步筛选后获得上调基因655个，下调基因110个，主要涉及mTOR信号通路、细胞代谢、细胞粘附等功能。其中上调基因中CDK5，CCNB1等差异基因与细胞骨架改变密切相关，而下调基因中IL-6，TNF，CXCR4等差异基因与细胞骨架改变密切相关，这对进一步深入理解imDCs独特的生物物理学特性和免疫学功能来说具有重要意义。

单核细胞；未成熟树突状细胞；基因芯片分析；生物信息学；细胞骨架