聂丽 , 马羊帅 , 杨慧林 , 王筱兰 , 陈丽琼 , 王光耀 , 赵越

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基因组学与应用生物学, 2016 年, 第 35卷, 第 285 篇   
收稿日期: 2016年02月02日    接受日期: 2016年03月02日

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迄今，在NCBI基因组数据库中大肠杆菌及其噬菌体的全基因组序列数量众多，这些大数据足以让我们基于全基因组序列比对研究大肠杆菌噬菌体侵染能力及宿主的抗感染能力。目前还未见大肠杆菌噬菌体侵染能力的相关报道。本研究为研究噬菌体侵染能力及其专一性提供数据。从NCBI数据库中下载大肠杆菌进化树上的代表菌株及全部的大肠杆菌噬菌体基因组序列，采用Blast软件进行序列比对，找出噬菌体与宿主的一一对应关系，再通过R语言等相关软件分析噬菌体对不同大肠杆菌宿主的侵染能力。在35个大肠杆菌噬菌体中，Escherichia  phage HK75等四株噬菌体的侵染能力最强，Escherichia  phage PhaxI和Escherichia  phage vB_EcoM_CBA120的侵染能力比较弱。在44个大肠杆菌代表株中，Escherichia coli strain 400791、Escherichia coli M605的易感能力较强，Escherichia coli MS 84-1的抗噬菌体能力较强。本文首次利用全基因组序列比对的方法分析了噬菌体对宿主的侵染能力，为噬菌体侵染能力研究提供参考数据。

大肠杆菌；噬菌体；侵染能力；全基因组比对